De par ses attributions et les rôles qui lui ont été dévolus, l’AMFE a la responsabilité de favoriser la mise en œuvre de moyens visant la protection des composantes sensibles du milieu forestier, notamment les écosystèmes forestiers exceptionnels. À cet égard, l’Agence a entrepris de rencontrer les propriétaires d’EFE afin de les informer de la présence d’un écosystème particulier sur leurs propriétés. Des propriétaires informés ont plus de chances de préserver les caractéristiques particulières de leurs forêts et sont davantage conscients des impacts de leurs actions sur leurs boisés.
De plus, l’Agence n’octroie aucune aide financière dans le cadre du Programme d’aide de mise en valeur des forêts privées qui pourrait détruire, altérer ou modifier des sites contenant des éléments particuliers de la biodiversité, notamment les EFE. Par ces actions, l’Agence Estrie et ses partenaires posent un geste concret pour conserver la diversité biologique de la région afin de rencontrer les exigences d’un aménagement forestier durable.